プログラム上からオブジェクトをアニメーションさせるサンプル。
XAMLで定義しているrectangleをアニメ。

ちなみに、アニメ嫌いです。

public partial class Window1
{
public Window1()
{
this.InitializeComponent();

SettingColorAnime();
//SettingMoveAnime();

}

Storyboard story1;

// 変色させるアニメーション
void SettingColorAnime()
{
SolidColorBrush myBackgroundBrush = (SolidColorBrush)this.rectangle.Fill;
this.RegisterName("anime1", myBackgroundBrush);
ColorAnimationUsingKeyFrames dframe = new ColorAnimationUsingKeyFrames();
dframe.KeyFrames.Add( new LinearColorKeyFrame(Colors.Red,KeyTime.FromTimeSpan(TimeSpan.FromSeconds(2))));
Storyboard.SetTargetProperty( dframe, new PropertyPath(SolidColorBrush.ColorProperty));
Storyboard.SetTargetName( dframe, "anime1" );
story1 = new Storyboard();
story1.Children.Add(dframe);
}

// 移動させるアニメーション
void SettingMoveAnime()
{
TranslateTransform Transform1 = new TranslateTransform();
this.rectangle.RenderTransform = Transform1;
this.RegisterName("anime1", Transform1);
DoubleAnimationUsingKeyFrames dframe = new DoubleAnimationUsingKeyFrames();
dframe.Duration = TimeSpan.FromSeconds(4);
dframe.KeyFrames.Add( new LinearDoubleKeyFrame(100,KeyTime.FromTimeSpan(TimeSpan.FromSeconds(3))));
Storyboard.SetTargetProperty( dframe, new PropertyPath(TranslateTransform.YProperty));
Storyboard.SetTargetName( dframe, "anime1" );
story1 = new Storyboard();
story1.Children.Add(dframe);
}

private void OnButton(object sender, RoutedEventArgs e)
{
story1.Begin(this,true); // アニメーション開始
}