96DPIの標準的な解像度でラインは2pixelが最小幅になり、細くしようとしても色が薄くなるだけですが、


// ID2D1HwndRenderTarget: target

設定を target->SetAntialiasMode(D2D1_ANTIALIAS_MODE_ALIASED);
1pixelのラインが描けます。


target->SetDpi(72.0f,72.0f);
のように72DPIにすると1pixelのラインが描けます。


DrawRectangleで輪郭を描いた後にFillRectangleで埋めると1dotだけ輪郭が残ります。


PushAxisAlignedClipでフィルタをかけてから、DrawRectangleを描くと1dotの輪郭が残ります。


多分、4Kディスプレイが一般的になれば気になる問題ではなくなります。
また、D2Dでは輪郭線はあきらめて塗潰し色で代用すべきです。