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最新IronPython2.0A5でテストしてみた。動作モードがstaticになったような、以下のような記述ができるようだ。
スクリプトを次々とつっこませてもPython内部の変数はリセットされない。
連携させやすくなった。

using System;

using System.IO;

using System.Net;

using System.Windows;

using System.Windows.Markup;
using System.Windows.Controls;

using System.Windows.Data;

using System.Windows.Media;

using System.Windows.Media.Animation;

using System.Windows.Navigation;
using IronPython.Compiler;

using IronPython.Hosting;

using IronPython.Runtime;

using Microsoft.Scripting;

using Microsoft.Scripting.Hosting;
namespace Street1

{

    public partial class Window1

    {

        public Window1()

        {

            this.InitializeComponent();
            m_engine = PythonEngine.CurrentEngine; // IronPython2.0

            

        }
        PythonEngine m_engine;
        private void OnMenu1(object sender, RoutedEventArgs e)

        {

            m_engine.ExecuteFileContent( "xxxx1.py" );

            m_engine.ExecuteFileContent( "xxxx2.py" );

        }

        

}